नेपियर संग्रहालय (Napier Museum) और प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय (Natural History Museum) तिरुवनंतपुरम में स्थित है। 19वीं शताब्दी में बना नेपियर संग्रहालय प्राकृतिक वातानुकूलित प्रणाली (Natural Air-conditioning System) का अद्भत नमूना है। नेपियर संग्रहालय को, गवर्नमेंट आर्ट म्यूजियम (Government Art Museum) के नाम से भी जाना जाता है।
तिरुवनंतपुरम का यह प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय एक लोकप्रिय आकर्षण है, जहां प्राचीन बहुमूल्य गहनों, पीतल की मूर्तियों, मंदिरों के रथ, हाथीदांत से बनी नक्काशियां, रथ और कई ऐतिहासिक अवशेषों को संग्रहित करके रखा गया है। इसके अलावा संग्रहालय में 8वीं से 18वीं शताब्दी की कांसे से निर्मित भगवान शिव, विष्णु, देवी पार्वती और लक्ष्मी की मूर्तियाँ भी हैं। इस परिसर में कई अन्य आकर्षण भी हैं, जैसे आर्ट गैलेरी, चिड़ियाघर (Zoological Garden) आदि।
नेपियर संग्रहालय की स्थापना साल 1855 में की गई थी। साल 1874 में पुरानी इमारत को गिराकर एक नए इमारत की नींव रखी गई। साल 1880 में जब यह संग्रहालय बनकर तैयार हुआ तब इसका नाम मद्रास (चेन्नई) के गवर्नर लॉर्ड नेपियर (Lord Napier) के नाम पर रखा गया था।
नेपियर संग्रहालय की दीवारों पर, जापानी शैली में चित्रित महाभारत और रामायण के महाकाव्य बहुत ही दिलचस्प हैं, जो पर्यटकों को अधिक समय तक रोके रखते हैं।